В последние годы жизни ранее крепкое здоровье Баха стало слабеть. Резко ухудшилось его зрение. В начале 1750 года он перенес две операции на глазах, после чего совершенно ослеп. Однако ум его и чувства оставались ясными. Он пытался продолжать работу над редактированием своей музыки с помощью ученика и зятя (мужа старшей дочери) И. К. Альтниколя, продиктовал ему свою последнюю хоральную обработку на слова «Пред твой трон предстану я», словно она символизировала его собственный конец. 28 июля 1750 года Бах скончался от кровоизлияния в мозг.
«Мицлеровское общество» опубликовало в своей «Музыкальной библиотеке» (1754, IV, 1) некролог Баха, составленный его сыном Филиппом Эмануэлем и учеником И. Ф. Агриколой. Телеман посвятил памяти Баха сонет. Филипп Эмануэль издал «Искусство фуги» с предисловием Ф. В. Марпурга (1751), а Маттезон высоко оценил это «великолепное практическое произведение». Все же остальные сочинения Баха (кроме нескольких, изданных при жизни) находились в рукописях, оказались разделены между двумя старшими сыновьями, остались в Лейпциге или попали сначала в частные собрания.